История Байконырского городского суда начинается с 1957 года, когда постоянной сессией Кызылординского областного суда в поселке испытателей Заря были созданы №5, №63, №,31 военно-гарнизонные суды.
С 1961 по 1977 года в должности председателя суда был Тарифов Г.Г., а с 1981 по 1992 г- Варлаков А.Ф.
С 1980 по 1992 год в должности судьи работали Михонин В.И., Проценко А.А., Бунчук В.И., Мирный С.И., 13 лет заведовала канцелярией суда Мамчур Н.А.
1 апреля 1993 года Постановлением Верховного Совета Республики Казахстан Ленинский городской народный суд был преобразован в Ленинский городской суд Председателем Ленинского городского суда назначен Абай Изгеевич Ильясов, а составами суда были Тажимбетов Б.А., Дуйсенбаев Г.Б.
В 1995 году председателем суда стал Болатбек Абдиганиулы Тажимбетов. Судьями суда были Дуйсенбаев Г.Б., Жумагулов А.Ф.
С 1998 года Байконырский городской суд возглавлял Жубанганов МейрамбекНургабылович, с 04 декабря 2008 года ЕркинбековМухтарЖусупбекович, с 16 июня 2011 года Абдулла АбдрахманАлиаскарович, с 24 февраля 2014 года Турганбаев Марат Айтбаевич,а с 11 декабря 2018 года председателем
Байконырского городского суда является Жусупов Телжан Куанышбекович.
Байконыский городской суд является трехсоставным судом и осуществляет свои полномочия в качестве суда первой инстанции. Байконырскому городскому суду подсудны гражданские, уголовные дела, а также дела об административных правонарушениях, возникающие на обслуживаемой территории, кроме
дел, подсудных военным судам. В суде работают три судьи, включая председателя суда и 7 государственных служащих. Судья Нурпейсова Карлыгаш Бекмуратовна работает с 18.12.2002 года, судья Шевцова Елена Евгеньевна – с 18.08.2004 года.
Суд расположен на окраине города в доме № 17 «а» по ул.Максимова.